现任领导
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方银霞 所长、党委副书记
方银霞，中共党员，博士，研究员，博士生导师，国家高层次人才特殊支持计划创新领军人才。
主持行政事业全面工作，负责审计、科技业务、船舶管理等方面工作。
分管办公室、业务处、船舶运管中心、浙江省海洋科学院 -
于建 党委书记、副所长
于建，中共党员，硕士。
主持党委全面工作，负责党建、群团、老干部、宣传和结对帮扶等方面工作
分管党委办公室、极地深海技术研究院，代管纪委办公室 -
郑玉龙 副所长
郑玉龙，无党派人士，硕士，工程技术带头人，硕士生导师。
负责科技开发、财务、地方合作、业务部门等方面工作
分管开发处 、财务处 、各实验室（中心、院） -
梅显俊 副所长、党委常委
梅显俊，中共党员，硕士，高级工程师。负责人事、基建装备、科技保障、安全保密等方面工作
分管人事处、基建装备处、科技保障中心
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陈建芳 副所长、党委常委
陈建芳，中共党员，博士，研究员，博士生导师，国家高层次人才特殊支持计划创新领军人才。
负责科技平台、学科建设、国际合作、研究生教育等方面工作
分管科技处、研究生教育中心
