现任领导
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李家彪 所长、党委书记
李家彪，中共党员，中国工程院院士。主持党委、行政事业全面工作，负责审计工作。
分管办公室 -
郑玉龙 副所长
郑玉龙，无党派人士，硕士，工程技术带头人，硕士生导师。负责科技开发、财务、地方合作、业务部门等方面工作。
分管开发处、财务处、各实验室（中心、院）、浙江省海洋科学院 -
王小波 纪委书记
王小波，中共党员，大学，工程技术带头人。负责纪检工作。
分管纪委办公室 -
梅显俊 党委副书记
梅显俊，中共党员，硕士，高级工程师。负责党建、人事、后勤、工会、老干部、安全保密等方面工作。
分管党委办公室、人事处 -
方银霞 副所长
方银霞，中共党员，博士，研究员，万人计划创新领军人才。
负责科技业务、基建装备、船舶管理、军民合作等方面工作。
分管业务处、基建装备处、船舶运管中心 -
陈建芳 副所长
陈建芳，中共党员，博士，研究员，博士生导师。
负责科技平台、学科建设、国际合作、研究生教育、基地建设等方面工作。
分管科技处、研究生教育中心、科技保障中心、极地深海技术研究院
