1965年12月——由国家科委和海军司令部批准,在原中国科学院华东海洋研究所浙江海洋工作站与国家海洋局所属海洋调查第一大队合并组建国家海洋局第二海洋研究所,并由杭州市迁驻宁波市。

1966年3月——海洋二所正式成立,人员分驻宁波、杭州两地,研究所执行师级权限,由东海分局代管。

1966年9月——国家海洋局决定,海洋二所划归东海分局建制领导。

1968年——中共海军党委决定,海洋二所由东海舰队代管。

1972年11月——中央军委批准海洋二所定点杭州市。

1973年12月——海洋二所由宁波市迁至杭州市。

2018年11月——根据中央编办文件,国家海洋局第二海洋研究所正式更名为自然资源部第二海洋研究所